يعتمد المكتب في اجراءاته وآليات العمل فيه على منهجية إدارة المشاريع التابعة لمعهد إدارة المشاريع (Project Management Institute)
والمعتمدة محلياً وعالمياً في كافة مجالات العمل التي تندرج تحتها إدارة المشاريع. و قد قام بتخصيص بعض الإجراءات والنماذج للتوافق مع بيئة العمل في وزارة العدل. ومن ضمن مجالات المعرفة التي تغطيها منهجية إدارة المشاريع في مكتب البرامج والمشاريع نذكر على سبيل المثال لا الحصر:
•إدارة تكامل المشروع
•إدارة الجدول الزمني للمشروع
•إدارة جودة المشروع
•إدارة التواصل في المشروع
•إدارة المخاطر في المشروع
